構造バイオインフォマティクス研究チーム|理化学研究所 生命機能科学研究センター(BDR)

構造バイオインフォマティクス研究チーム

チームリーダー

Kam ZHANGPh.D.

We compute for life.

研究内容

タンパク質の複雑な生物学的機能は、同じく複雑な三次元構造によって決定されます。私たちは、こうしたタンパク質の構造を計算科学的に研究することで、その機能を理解し、調節することを目指しています。そのため、タンパク質構造予測における手法を開発し、また、設計原理を応用し、新規の構造をもつ、新しい生物学的機能あるいは治療効果のあるタンパク質を創造します。X 線とCryo-EM のモデル構築と改良の新しい方法を開発し,さらには様々な創薬標的に対する新たな阻害剤の発見に向けた、計算手法の開発や応用を行います。

研究テーマ

  • タンパク質構造予測および設計
  • X線とCryo-EMモデルの構築と改良
  • バーチャルスクリーニングおよび薬剤設計

主要論文

  • Kumar A, Zhang KYJ
    A cross docking pipeline for improving pose prediction and virtual screening performance.
    Journal of Computer-Aided Molecular Design 32. 163-173 (2018) doi:10.1007/s10822-017-0048-z.
  • Terada D, Voet ARD, Noguchi H, et al.
    Computational design of a symmetrical ß-trefoil lectin with cancer cell binding activity.
    Scientific Reports 7. 5943 (2017) doi:10.1038/s41598-017-06332-7.
  • Matsuoka M, Kumar A, Muddassar M, et al.
    Discovery of Fungal Denitrification Inhibitors by Targeting Copper Nitrite Reductase from Fusarium Oxysporum.
    Journal of Chemical Information and Modeling
    57. 203-213 (2017) doi:10.1021/acs.jcim.6b00649.
  • Kumar A, Zhang KYJ
    A pose prediction approach based on ligand 3D shape similarity.
    Journal of Computer-Aided Molecular Design 30. 457-469 (2016) doi:10.1007/s10822-016-9923-2.
  • Voet ARD, Noguchi H, Addy C, et al.
    Biomineralization of a Cadmium Chloride Nanocrystal by a Designed Symmetrical Protein.
    Angewandte Chemie International Edition 54. 9857-9860 (2015) doi:10.1002/anie.201503575.
  • Voet ARD, Noguchi H, Addy C, et al.
    Computational design of a self-assembling symmetrical β-propeller protein.
    Proceedings of the National Academy of Sciences of United States of America 111. 15102-15107 (2014) doi: 10.1073/pnas.1412768111
  • Kumar A, Ito A, Hirohama M, et al.
    Identification of Sumoylation Inhibitors Targeting a Predicted Pocket in Ubc9.
    Journal of Chemical Information and Modeling 54. 2784−2793 (2014) doi: 10.1021/ci5004015
  • Kumar A, Ito A, Takemoto M, et al.
    Identification of 1,2,5-Oxadiazoles as a New Class of SENP2 Inhibitors Using Structure Based Virtual Screening.
    Journal of Chemical Information and Modeling 54. 870–880 (2014) doi: 10.1021/ci4007134
  • Simoncini D, Zhang KYJ.
    Efficient sampling in fragment-based protein structure prediction using an estimation of distribution algorithm.
    PLoS ONE 8. e68954 (2013) doi: 10.1371/journal.pone.0068954
  • Berenger F, Zhou Y, Shrestha R, Zhang KYJ.
    Entropy-accelerated exact clustering of protein decoys.
    Bioinformatics 27. 939 (2011) doi: 10.1093/bioinformatics/btr072

メンバー

Kam ZHANGチームリーダー kamzhang[at]riken.jp
Ashutosh KUMAR上級研究員 akumar[at]riken.jp
Aditya PADHI特別研究員 adityakumar.padhi[at]riken.jp
Kutumbarao NIDAMARTHI研究員 h.nidamarthi[at]riken.jp
Dileep KALARICKAL VIJAYAN訪問研究員 dileep.kalarickalvijayan[at]riken.jp
Matej JANEZIC国際プログラム・アソシエイト matej.janezic[at]riken.jp
Erma MUHAMMAD国際プログラム・アソシエイト ermafatiha.muhammad[at]riken.jp
David SIMONCINI客員研究員
Rojan SHRESTHA客員研究員
Francois BERENGER客員研究員

*:兼務/ [at]を@に変えてください