細胞システム動態予測研究ユニット|理化学研究所 生命機能科学研究センター(BDR)

細胞システム動態予測研究ユニット

ユニットリーダー

城口 克之Ph.D.

生物物理学と定量ジェノミクスを融合することで新しい視点から生命を理解し、医科学への貢献をめざす

研究内容

光学顕微鏡を用いた蛋白質1分子動態観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージング・シークエンシング・機械学習を組み合わせた新規1細胞計測法を開発しています。DNA分子バーコード法の開発により、高精度にRNA 分子を定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq)を実現し、また、細菌の種類を高精度で区別して1細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や医科学への貢献を目指しています。免疫に関わる細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。

研究テーマ

  • DNA分子バーコード法の開発
  • デジタルRNAシークエンシング
  • 新規細菌叢解析法の開発
  • バイオイメージング、シークエンシング、機械学習の融合

主要論文

  • Ise W, Fujii K, Shiroguchi K, et al.
    T follicular helper cell-germinal center B cell interaction strength regulates entry into plasma cell or recycling GC cell fate
    Immunity, in press.
  • Tenno M, Kojo S, Lawir DF, et al.
    Cbfβ2 controls differentiation of and confers homing capacity to prethymic progenitors
    Journal of Experimental Medicine 215. 595-610 (2018) doi: 10.1084/jem.20171221
  • Ogawa T, Kryukov K, Imanishi T, Shiroguchi K.
    The efficacy and further functional advantages of random-base molecular barcodes for absolute and digital quantification of nucleic acid molecules.
    Scientific Reports 7. 13576 (2017) doi: 10.1038/s41598-017-13529-3
  • Tenno M, Shiroguchi K, Muroi S, et al.
    Cbfβ2-deficiency preserves Langerhans cell precursors by lack of selective TGFβ receptor signaling.
    Journal of Experimental Medicine 214(10). 2933-2946 (2017) doi: 10.1084/jem.20170729
  • Suzuki H, Mitsuno K, Shiroguchi K, et al.
    One-step micromolding of complex 3D microchambers for single-cell analysis.
    Lab on a Chip 17(4). 647-652 (2017) doi: 10.1039/c6lc01313a
  • Chen HY, Shiroguchi K, Ge H, Xie XS.
    Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in Escherichia coli.
    Molecular Systems Biology 11(1). 781 (2015) doi: 10.15252/msb.20145794
  • Miyazaki M, Kinosita K, Shiroguchi K.
    Accurate polarity control and parallel alignment of actin filaments for myosin-powered transport systems.
    Rsc Advances 3(23). 8728-8733 (2013) doi: 10.1039/c3ra41112e
  • Shiroguchi K, Jia TZ, Sims PA, Xie XS.
    Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single-molecule barcodes.
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 109(4). 1347-1352 (2012) doi: 10.1073/pnas.1118018109
  • Shiroguchi K, Chin HF, Hannemann DE, et al.
    Direct Observation of the Myosin Va Recovery Stroke That Contributes to Unidirectional Stepping along Actin.
    Plos Biology 9(4). e1001031 (2011) doi: 10.1371/journal.pbio.1001031
  • Shiroguchi K, Kinosita K.
    Myosin V walks by lever action and Brownian motion.
    Science 316(5828). 1208-1212 (2007) doi: 10.1126/science.1140468

業績一覧