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研究

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BDRでは、様々な分野の研究者が協力して、より高い目標に向かって研究を進めています。

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BDRでは、ライフサイエンス分野の国際的な研究者を招いて、年1回のシンポジウムや定期的なセミナーを開催しています。

働く・学ぶ

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BDRでは、様々なバックグラウンドを持つ人々を受け入れ、オープンで協力的な研究環境の構築に努めています。

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最新の研究、イベント、研究者のインタビューなど、理研BDRの最新情報をお届けします。

BDRについて

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理研の強みを生かし学際的なアプローチで生命の根源を探求し、社会の課題に応えます。

口 克之チームリーダーの写真

チームリーダー
城口 克之 Ph.D.

細胞システム動態予測研究チーム

拠点大阪/生命システム研究棟

E-mail katsuyuki.shiroguchi[at]riken.jp

[at]を@に変えてください

生物物理学と定量ジェノミクスを融合することで新しい視点から生命を理解し、医科学への貢献をめざす

光学顕微鏡を用いた蛋白質1分子動態観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージング・シークエンシング・機械学習を組み合わせた新規1細胞計測法を開発しています。DNA分子バーコード法の開発により、高精度にRNA 分子を定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq)を実現し、また、細菌の種類を高精度で区別して1細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や、オルガノイドを用いた研究などにより医科学への貢献を目指しています。免疫に関わる細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。

学生募集!

研究テーマ

  • DNA分子バーコード法の開発
  • デジタルRNAシークエンシング
  • 新規細菌叢解析法の開発
  • バイオイメージング、シークエンシング、機械学習の融合
  • オルガノイド計測
  • 細胞間相互作用

主要論文

Takahashi S, Ochiai S, Jin J, et al.
Sensory neuronal STAT3 is critical for IL-31 receptor expression and inflammatory itch
Cell Reports (2023) doi: /10.1016/j.celrep.2023.113433

Jin J, Yamamoto R, Shiroguchi K, et al.
High-throughput identification and quantification of bacterial cells in the microbiota based on 16S rRNA sequencing with single-base accuracy using BarBIQ
Nature Protocols (2023) doi: /10.1038/s41596-023-00906-8

Cui G, Shimba A, Jin J, et al.
CD45 Alleviates Airway Inflammation and Lung Fibrosis by Limiting Expansion and Activation of ILC2s.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120(36), e2215941120 (2023) doi: 10.1073/pnas.2215941120

Fujimura T, Enomoto Y, Katsura H, et al.
Identifying a Lung Stem Cell Subpopulation by Combining Single-Cell Morphometrics, Organoid Culture, and Transcriptomics.
Stem Cells 41(8), 809-820 (2023) doi: 10.1093/stmcls/sxad044

Jin J, Ogawa T, Hojo N, et al.
Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120(1), e2210283120 (2023) doi: 10.1073/pnas.2210283120

Cui G, Shimba A, Jin J, et al.
A circulating subset of iNKT cells mediates antitumor and antiviral immunity.
Science Immunology 7(76), eabj8760 (2022) doi: 10.1126/sciimmunol.abj8760

Jin J, Yamamoto R, Takeuchi T, et al.
High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota.
Nature Communications 13, 863 (2022) doi: 10.1038/s41467-022-28426-1

Zhang B, Vogelzang A, Miyajima M, et al.
B cell-derived GABA elicits IL-10+ macrophages to limit anti-tumour immunity.
Nature 599(7885), 471-476 (2021) doi: 10.1038/s41586-021-04082-1

Nishida M, Yamashita N, Ogawa T, et al.
Mitochondrial reactive oxygen species trigger metformin-dependent antitumor immunity via activation of Nrf2/mTORC1/p62 axis in tumor-infiltrating CD8T lymphocytes.
Journal for immunotherapy of cancer 9, e002954 (2021) doi: 10.1136/jitc-2021-002954

Aso H, Nagaoka S, Kawakami E, et al.
Multiomics investigation revealing the characteristics 1 of HIV-1-infected cells.
Cell Reports 32, 107887 (2020)

Kimura S, Nakamura Y, Kobayashi N, et al.
Osteoprotegerin-dependent M cell self-regulation balances gut infection and immunity.
Nature Communications 11, 234 (2020) doi: 10.1038/s41467-019-13883-y

Yazaki J, Kawashima Y, Ogawa T, et al.
HaloTag-based conjugation of proteins to barcoding-oligonucleotides.
Nucleic Acids Research 48, e8 (2020) doi: 10.1093/nar/gkz1086

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