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研究

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BDRについて

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理研の強みを生かし学際的なアプローチで生命の根源を探求し、社会の課題に応えます。

工樂 樹洋チームリーダーの写真

チームリーダー
工樂 樹洋 Ph.D.

分子配列比較解析チーム

拠点神戸/発生・再生研究棟

E-mail shigehiro.kuraku[at]riken.jp

[at]を@に変えてください

生命現象の分子的理解にゲノムワイドな視野と進化の時間軸を

我々のからだのつくりや生命のいとなみの設計図ともいえるゲノムは、突然創られたものではなく、数十億年にもわたる度重なる変更の産物です。現存のどの生物のゲノムにも歴史があり、その情報を生物種のあいだで比較することによって、過去にどのようなゲノムの改変が起きたのか、推測することができます。ゲノム進化の歴史を紐解くことにより、ヒトをはじめとする多様な生物の現在の活動を支える分子メカニズムの成り立ちを探ることも可能となります。

当研究室では、ゲノム内の多数の遺伝子のあいだの系統関係や進化の時間軸を念頭に置きつつ、先端的なDNA解析技術を駆使して、脊椎動物のゲノム構造やエピゲノム制御メカニズムの進化的変遷について研究を行っています。多様な脊椎動物のゲノムワイドな情報解析を進めながら、そこから得た生物学的知見と技術運用のためのノウハウをヒトや実験動物の広範な生命科学研究につなげることをめざして、分子進化学的・ゲノム学的視野に立った生物多様性リテラシーの普及のための活動も行っています。

研究テーマ

  • 分子進化学の手法と生命現象の分子的理解に立脚した生物多様性研究
  • 染色体規模のDNA情報取得のための包括的ゲノム解析技術の高度化
  • クロマチン構造とその制御を視野に入れた脊椎動物のゲノム進化学
  • 大型海棲脊椎動物など重要でありながら情報が乏しい生物の分子情報取得

主要論文

Ohnishi T, Kiyama Y, Arima-Yoshida F, et al.
Cooperation of LIM domain-binding 2 (LDB2) with EGR in the pathogenesis of schizophrenia.
EMBO molecular medicine 13(4), e12574 (2021) doi: 10.15252/emmm.202012574

Kajikawa E, Horo U, Ide T, et al.
Nodal paralogues underlie distinct mechanisms for visceral left-right asymmetry in reptiles and mammals.
Nature ecology & evolution 4(2), 261-269 (2020) doi: 10.1038/s41559-019-1072-2

Kadota M, Nishimura O, Miura H, et al.
Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?
GigaScience 9(1), giz158 (2020) doi: 10.1093/gigascience/giz158

Kishida T, Go Y, Tatsumoto S, et al.
Loss of olfaction in sea snakes provides new perspectives on the aquatic adaptation of amniotes.
Proceedings. Biological sciences 286(1910), 20191828 (2019) doi: 10.1098/rspb.2019.1828

Hara Y, Takeuchi M, Kageyama Y, et al.
Madagascar ground gecko genome analysis characterizes asymmetric fates of duplicated genes.
BMC Biology 16, 40 (2018) doi: 10.1186/s12915-018-0509-4

Hara Y, Yamaguchi K, Onimaru K, et al.
Shark genomes provide insights into elasmobranch evolution and the origin of vertebrates.
Nature ecology & evolution 2(11), 1761-1771 (2018) doi: 10.1038/s41559-018-0673-5

Onimaru K, Kuraku S.
Inference of the ancestral vertebrate phenotype through vestiges of the whole-genome duplications.
Briefings in functional genomics 17(5), 352-361 (2018) doi: 10.1093/bfgp/ely008

Nishimura O, Hara Y, Kuraku S.
gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies.
Bioinformatics 33(22), 3635-3637 (2017) doi: 10.1093/bioinformatics/btx445

Kadota M, Hara Y, Tanaka K, et al.
CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution.
Scientific Reports 7(1), 4957 (2017) doi: 10.1038/s41598-017-04506-x

Smith JJ, Kuraku S, Holt C, et al.
Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution.
Nature Genetics 45(4), 415-421 (2013) doi: 10.1038/ng.2568

Kuraku S.
Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes.
Seminars in Cell and Developmental Biology 24(2), 119-127 (2013) doi: 10.1016/j.semcdb.2012.12.009

Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Katoh K.
aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity.
Nucleic acids research 41(Web Server issue), W22-8 (2013) doi: 10.1093/nar/gkt389

メンバー

工樂 樹洋

チームリーダー

門田 満隆

技師

西村 理

技師

ロゼウィッキー ジョン ジェームズ

技師

種子島 千春

専門技術員

辰見 香織

テクニカルスタッフⅡ

中川 れい子

専門職研究員

山口 和晃

研究員

大石 雄太

大学院生リサーチ・アソシエイト

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