
チームリーダー
梅原 崇史
Ph.D.
エピジェネティクス制御研究チーム
[2023年3月 終了]
E-mail takashi.umehara[at]riken.jp
[at]を@に変えてください
「エピジェネティクス(後成遺伝学)は、先天的な遺伝情報に「後付け」される生命情報に取り組む研究分野です。この「後付け」の主な実体は、クロマチンと呼ばれるゲノムDNA とヒストンタンパク質の複合体に対する化学修飾です。エピジェネティクスは癌やiPS 細胞、寿命の制御に関わることから、創薬や再生医療、アンチエイジングの分子標的として注目を集めています。私たちの研究室では、ヒトのエピジェネティクスの情報を精密に再現・検出・制御する技術の開発を通して、疾患やiPS 細胞、抗老化を望みどおりに操作することをめざします。
エピジェネティクスの再現
設計通りにアセチル化されたタンパク質の合成技術。この技術により、転写活性なクロマチンを試験管内で精密に再現することができる。

エピジェネティクスの検出
ヒストンH4 テイルの2 残基のアセチル化を検出する抗体の開発。この抗体を用いて、転写が超活性化したクロマチンを1 ヌクレオソーム分解能で検出することができる。

エピジェネティクスの制御
タンパク質の構造に基づいて開発したヒストン脱メチル化酵素阻害剤S2101。この化合物はエピジェネティクス制御試薬として市販されている。

主要論文
Niwa H, Watanabe C, Sato S, et al.
Structure–activity relationship and in silico evaluation of cis- and trans-PCPA-derived inhibitors of LSD1 and LSD2.
ACS Medicinal Chemistry Letters
13, 1485-1492 (2022)
doi: 10.1021/acsmedchemlett.2c00294
Kikuchi M, Morita S, Goto M, et al.
Elucidation of binding preferences of YEATS domains to site-specific acetylated nucleosome core particles.
Journal of Biological Chemistry
298, 102164 (2022)
doi: 10.1016/j.jbc.2022.102164
Sasaki K, Suzuki M, Sonoda T, et al.
Visualization of the dynamic interaction between nucleosomal histone H3K9 tri-methylation and HP1α chromodomain in living cells.
Cell Chemical Biology
29, 1153-1161 (2022)
doi: 10.1016/j.chembiol.2022.05.006
Koda Y, Sato S, Yamamoto H, et al.
Design and synthesis of tranylcypromine-derived LSD1 inhibitors with improved hERG and microsomal stability profiles.
ACS Medicinal Chemistry Letters
13, 848-854 (2022)
doi: 10.1021/acsmedchemlett.2c00120
Kitagawa H, Kikuchi M, Sato S, et al.
Structure-based identification of potent lysine-specific demethylase 1 inhibitor peptides and temporary cyclization to enhance proteolytic stability and cell growth-inhibitory activity.
Journal of Medicinal Chemistry
64, 3707-3719 (2021)
doi: 10.1021/acs.jmedchem.0c01371
Wakamori M, Okabe K, Ura K, et al.
Quantification of the effect of site-specific histone acetylation on chromatin transcription rate.
Nucleic Acids Research
48(22), 12648-12659 (2020)
doi: 10.1093/nar/gkaa1050
Wu HD, Kikuchi M, Dagliyan O, et al.
Rational design and implementation of a chemically inducible hetero-trimerization system.
Nature Methods
17, 928-936 (2020)
doi: 10.1038/s41592-020-0913-x
Furukawa A, Wakamori M, Arimura Y, et al.
Acetylated histone H4 tail enhances histone H3 tail acetylation by altering their mutual dynamics in the nucleosome.
Proceedings of the National Academy of Sciences USA
117, 19661-19663 (2020)
doi: 10.1073/pnas.2010506117
Saito S, Kikuchi J, Koyama D, et al.
Eradication of central nervous system leukemia of T-cell origin with a brain-permeable LSD1 inhibitor.
Clinical Cancer Research
25, 1601-1611 (2019)
doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-0919
Handoko L, Kaczkowski B, Hon CC, et al.
JQ1 affects BRD2-dependent and independent transcription regulation without disrupting H4-hyperacetylated chromatin states.
Epigenetics
13, 410-431 (2018)
doi: 10.1080/15592294.2018.1469891
メンバー

チームリーダー梅原 崇史
- takashi.umehara[at]riken.jp
([at]を@に置き換えてください) - CV(Researchmap)
上級技師*丹羽 英明
- hideaki.niwa[at]riken.jp
研究員菊地 正樹
- masaki.kikuchi[at]riken.jp
研究員DAS Nando Dulal
- nando.das[at]riken.jp
技師森田 鋭
- satoshi.morita[at]riken.jp
技師若森 昌聡
- masatoshi.wakamori[at]riken.jp
技師佐藤 心
- shin.sato[at]riken.jp
技師渡邉 寿美
- hisami.watanabe[at]riken.jp
研究生青木 大将
- daisuke.aoki[at]riken.jp
アシスタント斉藤 由紀
- yuki.saito[at]riken.jp
(*:兼務/ [at]を@に変えてください)