
チームリーダー
谷口 雄一
Ph.D.
細胞システム制御学研究チーム
[2023年3月 終了]
E-mail taniguchi[at]riken.jp
[at]を@に変えてください
当研究室では、1つ1つの細胞の複雑な振る舞いを理解・制御するための論理的基盤を構築し、医療・生命科学研究の新しい方法論を創造することを目指しています。最先端の1細胞内1分子イメージングや、ハイスループット計測技術、3次元ゲノム構造解析、分子動力学計算、機械学習、次世代シーケンシング、MEMS、バイオインフォマティクス、細胞株ライブラリ構築技術などを駆使・融合することにより、1細胞レベルでの包括的な生命理解と網羅的な生物情報収集のための新しいテクノロジーを開発します。そしてこれらを用いて、多数の遺伝子や因子により制御された細胞の複雑な仕組みを記述・理解するための新しい概念とモデルを構築し、その振る舞いを予見・制御することを課題としています。
研究テーマ
- 細胞内分子の超高感度・超高解像度イメージング技術の開発
- 細胞内の各種分子の網羅的な定量化のための新規方法論の開発
- 細胞状態の制御原理の解明を目指したゲノム状態解析法の開発
- 1細胞の複雑な状態性を定量的に理解するための理論・数理モデルの構築
- 細胞状態の人為的制御のための方法論の開発と医学への展開
主要論文
Ohno M, Ando T, Priest DG, Taniguchi Y.
Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution.
Nature Protocols
16(7), 3439-3469 (2021)
doi: 10.1038/s41596-021-00543-z
Shinkai S, Nakagawa M, Sugawara T, et al.
PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics.
NAR Genomics and Bioinformatics
2, lqaa020 (2020)
doi: 10.1093/nargab/lqaa020
Kumar V, Leclerc S, Taniguchi Y.
BHi-Cect: A top-down algorithm for identifying the multi-scale hierarchical structure of chromosomes.
Nucleic Acids Research
48, e26 (2020)
doi: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa004/5713458
Yoshida Y, Taniguchi Y.
Simultaneous Single-Cell Measurements Demonstrate a Positive Correlation between RNA Copy Number for Mitochondrial Division and Fusion Genes and Mitochondrial Fragmentation.
Cytologia
84(1), 15-23 (2019)
doi: 10.1508/cytologia.84.15
Ohno M, Ando T, Priest D.G, et al.
Sub-nucleosomal genome structure reveals distinct nucleosome folding motifs.
Cell
176(3), 520-534.e25 (2019)
doi: 10.1016/j.cell.2018.12.014
Leclerc S, Arntz Y, Taniguchi Y.
Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level.
Journal of visualized experiments : JoVE
(2019)
doi: 10.3791/59199
Leclerc S, Arntz Y, Taniguchi Y.
Extending Single Molecule Imaging to Proteome Analysis by Quantitation of Fluorescent Labeling Homogeneity in Complex Protein Samples.
Bioconjugate chemistry
29(8), 2541-2549 (2018)
doi: 10.1021/acs.bioconjchem.8b00226
Ohno M, Priest DG, Taniguchi Y.
Nucleosome-level 3D organization of the genome.
Biochemical Society transactions
46(3), 491-501 (2018)
doi: 10.1042/BST20170388
Priest D, Tanaka N, Tanaka Y, Taniguchi Y.
Micro-patterned agarose gel devices for single-cell high-throughput microscopy of E. coli cells.
Scientific Reports
7, 17750 (2017)
doi: 10.1038/s41598-017-17544-2
Taniguchi Y.
Autofluorescence imaging of tissue samples using super-high sensitivity fluorescence microscopy.
Global Imaging Insights
2, 1-2 (2017)
doi: 10.15761/GII.1000135
Taniguchi Y.
Genome-Wide Analysis of Protein and mRNA Copy Numbers in Single Escherichia coli Cells with Single-Molecule Sensitivity.
Methods in Molecular Biology
1346, 55-67 (2015)
doi: 10.1007/978-1-4939-2987-0_5
Ohno M, Karagiannis P, Taniguchi Y.
Protein Expression Analyses at the Single Cell Level.
Molecules
19(9), 13932-13947 (2014)
doi: 10.3390/molecules190913932
Taniguchi Y, Choi PJ, Li GW, et al.
Quantifying E-coli Proteome and Transcriptome with Single-Molecule Sensitivity in Single Cells.
Science
329(5991), 533-538 (2010)
doi: 10.1126/science.1188308
Taniguchi Y, Nishiyama M, Ishii Y, Yanagida T.
Entropy rectifies the Brownian steps of kinesin.
Nature Chem. Biol.
1, 342-347 (2005)
メンバー
大野(城村) 雅恵
客員研究員
KIM Soo Yeon
基礎科学特別研究員
石田 真弓
テクニカルスタッフⅠ
辻村 香織
テクニカルスタッフⅠ
LATIEFA Binti Kamarulzaman
研修生
大原 祥子
事務パートタイマーⅡ
奥田 ゆり子
アシスタント
ニュース

2023年2月1日 BDRニュース
谷口 雄一 チームリーダーが第5回(2022年度)晝馬輝夫 光科学賞を受賞

2022年5月27日 BDRニュース
研究人十色
母国を離れてひとり 巡りあった研究と人生

2022年4月15日 BDRニュース
文部科学大臣表彰の受賞について

2022年1月27日 BDRニュース
谷口チームリーダーが第9回京都SMI中辻賞を受賞

2021年12月20日 BDRニュース
谷口雄一チームリーダーが「日本学術振興会賞」を受賞

2021年9月28日 BDRニュース
谷口 雄一チームリーダーが「大阪科学賞」を受賞

2021年6月1日 研究成果
最も詳細な解像度でゲノムDNAの3次元構造を導く技術

2020年8月7日 研究成果
ゲノムの動きをシミュレーションする新手法

2020年6月2日 BDRニュース
BDRの研究ネホリハホリ
Computational work to see the structure of DNA

2020年2月3日 研究成果
機械学習によるゲノム構造の特徴抽出

2019年5月7日 BDRニュース
理研ニュース5月号に谷口雄一ユニットリーダー(細胞システム制御学研究ユニット)らの研究が紹介されました

2019年3月16日 BDRニュース
金 水縁 研究員(細胞システム制御学研究ユニット)のエッセイが産経新聞の連載「科学の中身」に掲載されました

2019年1月18日 研究成果
世界最高分解能で全ゲノムの3次元構造を解明

2018年10月3日 研究成果
1分子蛍光イメージングによるプロテオーム解析のために

2018年7月31日 研究成果
細胞中のタンパク質を全部光らせる