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谷口 雄一チームリーダーの写真

チームリーダー
谷口 雄一 Ph.D.

細胞システム制御学研究チーム

拠点大阪/生命システム研究棟

E-mail taniguchi[at]riken.jp

[at]を@に変えてください

細胞の複雑な挙動を論理的に理解・制御し、次世代の医療に役立てる

当研究室では、1つ1つの細胞の複雑な振る舞いを理解・制御するための論理的基盤を構築し、医療・生命科学研究の新しい方法論を創造することを目指しています。最先端の1細胞内1分子イメージングや、ハイスループット計測技術、3次元ゲノム構造解析、分子動力学計算、機械学習、次世代シーケンシング、MEMS、バイオインフォマティクス、細胞株ライブラリ構築技術などを駆使・融合することにより、1細胞レベルでの包括的な生命理解と網羅的な生物情報収集のための新しいテクノロジーを開発します。そしてこれらを用いて、多数の遺伝子や因子により制御された細胞の複雑な仕組みを記述・理解するための新しい概念とモデルを構築し、その振る舞いを予見・制御することを課題としています。

研究テーマ

  • 細胞内分子の超高感度・超高解像度イメージング技術の開発
  • 細胞内の各種分子の網羅的な定量化のための新規方法論の開発
  • 細胞状態の制御原理の解明を目指したゲノム状態解析法の開発
  • 1細胞の複雑な状態性を定量的に理解するための理論・数理モデルの構築
  • 細胞状態の人為的制御のための方法論の開発と医学への展開

主要論文

Ohno M, Ando T, Priest DG, Taniguchi Y.
Hi-CO: 3D genome structure analysis with nucleosome resolution.
Nature Protocols 16(7), 3439-3469 (2021) doi: 10.1038/s41596-021-00543-z

Shinkai S, Nakagawa M, Sugawara T, et al.
PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics.
NAR Genomics and Bioinformatics 2, lqaa020 (2020) doi: 10.1093/nargab/lqaa020

Kumar V, Leclerc S, Taniguchi Y.
BHi-Cect: A top-down algorithm for identifying the multi-scale hierarchical structure of chromosomes.
Nucleic Acids Research 48, e26 (2020) doi: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa004/5713458

Yoshida Y, Taniguchi Y.
Simultaneous Single-Cell Measurements Demonstrate a Positive Correlation between RNA Copy Number for Mitochondrial Division and Fusion Genes and Mitochondrial Fragmentation.
Cytologia 84(1), 15-23 (2019) doi: 10.1508/cytologia.84.15

Ohno M, Ando T, Priest D.G, et al.
Sub-nucleosomal genome structure reveals distinct nucleosome folding motifs.
Cell 176(3), 520-534.e25 (2019) doi: 10.1016/j.cell.2018.12.014

Leclerc S, Arntz Y, Taniguchi Y.
Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level.
Journal of visualized experiments : JoVE (2019) doi: 10.3791/59199

Leclerc S, Arntz Y, Taniguchi Y.
Extending Single Molecule Imaging to Proteome Analysis by Quantitation of Fluorescent Labeling Homogeneity in Complex Protein Samples.
Bioconjugate chemistry 29(8), 2541-2549 (2018) doi: 10.1021/acs.bioconjchem.8b00226

Ohno M, Priest DG, Taniguchi Y.
Nucleosome-level 3D organization of the genome.
Biochemical Society transactions 46(3), 491-501 (2018) doi: 10.1042/BST20170388

Priest D, Tanaka N, Tanaka Y, Taniguchi Y.
Micro-patterned agarose gel devices for single-cell high-throughput microscopy of E. coli cells.
Scientific Reports 7, 17750 (2017) doi: 10.1038/s41598-017-17544-2

Taniguchi Y.
Autofluorescence imaging of tissue samples using super-high sensitivity fluorescence microscopy.
Global Imaging Insights 2, 1-2 (2017) doi: 10.15761/GII.1000135

Taniguchi Y.
Genome-Wide Analysis of Protein and mRNA Copy Numbers in Single Escherichia coli Cells with Single-Molecule Sensitivity.
Methods in Molecular Biology 1346, 55-67 (2015) doi: 10.1007/978-1-4939-2987-0_5

Ohno M, Karagiannis P, Taniguchi Y.
Protein Expression Analyses at the Single Cell Level.
Molecules 19(9), 13932-13947 (2014) doi: 10.3390/molecules190913932

Taniguchi Y, Choi PJ, Li GW, et al.
Quantifying E-coli Proteome and Transcriptome with Single-Molecule Sensitivity in Single Cells.
Science 329(5991), 533-538 (2010) doi: 10.1126/science.1188308

Taniguchi Y, Nishiyama M, Ishii Y, Yanagida T.
Entropy rectifies the Brownian steps of kinesin.
Nature Chem. Biol. 1, 342-347 (2005)

メンバー

谷口 雄一

チームリーダー

大野(城村) 雅恵

客員研究員

KIM Soo Yeon

基礎科学特別研究員

石田 真弓

テクニカルスタッフⅠ

辻村 香織

テクニカルスタッフⅠ

LATIEFA Binti Kamarulzaman

研修生

大原 祥子

事務パートタイマーⅡ

奥田 ゆり子

アシスタント

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