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研究

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本間 光貴チームリーダーの写真

チームリーダー
本間 光貴 Ph.D.

制御分子設計研究チーム

拠点 横浜

E-mail honma.teruki[at]riken.jp

[at]を@に変えてください

シミュレーションとインフォマティクスを融合したインシリコ設計技術を開発し、創薬に応用します。

創薬研究が進んだ現在、低分子医薬品を開発しやすい標的分子の多くは、すでにやり尽くされつつあります。一方で、難治性のがん、アルツハイマー病、遺伝病に加え、新しい感染症のリスクは増大しており、これまでにない革新的な新薬に対するニーズは非常に強いものがあります。当チームは、分子動力学計算や量子化学計算(FMO計算)等のシミュレーションと、人工知能(AI)に代表されるインフォマティクス技術を融合してインシリコ設計、創薬AIの新しい技術を開発しています。開発した技術は、従来の方法では難易度の高い創薬ターゲットに対するインシリコスクリーニングに応用し、活性、体内動態、毒性等の医薬品に必要な複数項目の同時最適化設計を実施します。また、世界で初めてのタンパク質の量子化学計算値データベース(FMO IFIEデータベース)を開発し、運営しています。


研究テーマ

  • シミュレーションとインフォマティクスを融合したインシリコ創薬技術の開発
  • 開発したインシリコ創薬技術の実際の創薬ターゲットへの応用
  • FMO IFIEデータベースの構築と公開

主要論文

Komura H, Watanabe R, Kawashima H, et al.
A public-private partnership to enrich the development of in silico predictive models for pharmacokinetic and cardiotoxic properties.
Drug discovery today 26(5), 1275-1283 (2021) doi: 10.1016/j.drudis.2021.01.024

Sato T, Hashimoto N, Honma T.
Bioisostere Identification by Determining the Amino Acid Binding Preferences of Common Chemical Fragments.
Journal of Chemical Information and Modeling 57(12), 2938-2947 (2017) doi: 10.1021/acs.jcim.7b00092

Watanabe C, Watanabe H, Fukuzawa K, et al.
Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO+MM-PBSA) Approach.
Journal of Chemical Information and Modeling 57(12), 2996-3010 (2017) doi: 10.1021/acs.jcim.7b00110

Okada-Iwabu M, Yamauchi T, Iwabu M, et al.
A small-molecule AdipoR agonist for type 2 diabetes and short life in obesity.
Nature 503, 493-499 (2013) doi: 10.1038/nature12656

Saito Y, Yuki H, Kuratani M, et al.
A pyrrolo-pyrimidine derivative targets human primary AML stem cells in Vivo..
Science Translational Medicine 5(181), 181ra152 (2013) doi: 10.1126/scitranslmed.3004387

Shiba T, Kido Y, Sakamoto K, et al.
Structure of the trypanosome cyanide-insensitive alternative oxidase.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 110(12), 4580-5 (2013) doi: 10.1073/pnas.1218386110

Takaya D, Sato T, Yuki H, et al.
Prediction of Ligand-Induced Structural Polymorphism of Receptor Interaction Sites Using Machine Learning.
Journal of Chemical Information and Modeling 53(3), 704-716 (2013) doi: 10.1021/ci300458g

Sato T, Watanabe H, Tsuganezawa K, et al.
Identification of novel drug-resistant EGFR mutant inhibitors by in silico screening using comprehensive assessments of protein structures.
Bioorganic & Medicinal Chemistry 20(12), 3756-67 (2012) doi: 10.1016/j.bmc.2012.04.042

Yuki H, Honma T, Hata M, Hoshino T.
Prediction of sites of metabolism in a substrate molecule, instanced by carbamazepine oxidation by CYP3A4.
Bioorganic & Medicinal Chemistry 20(2), 775-83 (2011) doi: 10.1016/j.bmc.2011.12.004

Sato T, Honma T, Yokoyama S.
Combining Machine Learning and Pharmacophore-based Interaction Fingerprint for in silico Screening.
Journal of Chemical Information and Modeling 50(1), 170-85 (2010) doi: 10.1021/ci900382e

Sato T, Matsuo Y, Honma T, Yokoyama S.
In silico functional profiling of small molecules and its applications.
Journal of Medicinal Chemistry 51(24), 7705-16 (2008) doi: 10.1021/jm800504q

メンバー

本間 光貴

チームリーダー

大田 雅照

上級研究員

池田 和由

上級研究員

幸 瞳

技師

佐藤 朋広

研究員

渡邉 千鶴

研究員

神坂 紀久子

技師

谷 紀彦

テクニカルスタッフⅠ

山崎 晃

テクニカルスタッフⅠ

飯島 洋

客員主管研究員

髙谷 大輔

客員研究員

保田 真友子

専門技術員

斉藤 由紀

アシスタント

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