設備・受託サービス
分子動力学専用計算機MDGRAPE-4A（大阪）
「MDGRAPE-4A」（エムディー・グレープ・フォー・エー）は古典分子動力学に特化した専用計算機で、計算分子設計研究チームが2016年より設計・製造したMDGRAPEシリーズの最新機です。2019年には10万原子系のシミュレーションで最大1.1マイクロ秒／日のスピード性能（市販のスーパーコンピュータより5倍以上高速）を達成しています。 2020年より外部利用を目的に年間300日規模の運用を開始しています。締結する契約書ならびに確認書に基づき、機器の利用を実費相当の負担金でユーザに提供いたします。リモート接続でのご利用、もしくは代行実行が可能です。
【お問い合わせ先】 mdgrape-contact[at]ml.riken.jp（[at]を@に変えてください）
MDGRAPE-4Aシステム諸元
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MDGRAPE-4A SoC（専用LSI）
| プロセスノード | 40nm | |
|---|---|---|
| チップ面積 | 16.28mmx16.28mm | |
| 動作クロック | 600/800MHz | |
| メモリ | 2メガバイト オンチップメモリ | |
| 専用パイプライン | 64本 | |
| 長距離演算ユニット | 2個 | |
| 汎用演算コア（拡張RISC-V） | 16+1個 | |
| 32ビット固定小数点ベクトル命令等の拡張演算 | 64キロバイト局所メモリ | |
| 3次元トーラスネットワーク | 双方向7.2ギガバイト/秒 （計6Gbps 72レーン） |
|
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MDGRAPE-4Aシステム
| 8個x8個x8個（計512個）のSoCを3次元トーラスネットワークで接続 | ||
| １ボードに8個のSoCを実装 | ||
| ボード間接続には光接続を利用 | ||
| 長距離力専用FPGAシステム（計9個のFPGAにより構成） | ||
| 消費電力 | 65kW（推定値） | |
|---|---|---|
| 冷却システム | ヒートシンク・ファンによる空冷 | |
| 開発費 | 約7億円（研究者の人件費を除く） | |
| 開発期間 | 約2年間 | |
| 設置場所 | 理研大阪地区（大阪府吹田市） | |
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ソフトウェア
| Gromacs入出力に対応した独自ソフトウェア | ||
| インプット | Gromacs tprからMDGRAPE-4A入力ファイルへ変換 | |
|---|---|---|
| アウトプット | MDGRAPE-4Aが生成したスナップショットをxtc, trrに変換 | |
| 実装済み機能 |
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| Gromacs tprの制限(functype) |
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| 原子数制限 | 最小20,000原子(1辺~6nm): カットオフ距離制約 最大100,000原子(1辺~10nm): メモリ制約 直方体、立方体に近い形が望ましい。 |
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(**)リモート利用の他に、インプットファイルを頂いて、こちらで代行実行して、計算結果をお渡しすることも出来ます。
MDGRAPE-4Aご利用の流れ
事前相談（実施の時間、時期、形態など）のご連絡をお願いします。
メールアドレス： mdgrape-contact[at]ml.riken.jp（[at]を@に変えてください）
担当者より、相談・調整させていただきます。
＊成果占有利用をご希望の方＊
MDGRAPE-4Aシステム
- 1.MDGRAPE−４A利用についてをご確認の上、申請書に記入の上、PDFにてメールでご提出ください。
＊その他（理化学研究所内等）の方＊
事前にご相談ください。
※機器の利用状況等により、実施形態や実施時期のご希望に応えられない場合もありますこと、ご了承ください。事前相談にて、お打合せさせていただきます。
利用料
(2022年4月1日時点)
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| 研究支援区分 | 単位 | 金額（円） ※1 |
|---|---|---|
| MDGRAPE-4A成果占有利用 | １時間 |
6,200 |
※金額は消費税を含みません。なお、金額は今後変更する可能性がございます。
関連リンク
- 創薬専用スパコンの開発 （プレスリリース）
- 計算分子設計研究チーム
- 共同研究・受託サービスについて
