本基盤では、創薬研究の推進のため「大規模・高速スパコン利用先端計算科学技術によるインシリコ創薬の確立とその応用」を図ります。インシリコ創薬を高精 度化するために水溶液中のタンパク質-低分子化合物の複合体構造の動態を考慮し、高精度な結合親和性を予測する分子シミュレーション技術を実現します。薬 物候補化合物の分子レベルにおける理解・究明を深め、また、有望化合物構造式の特定（生成・選択）に役立てます。
研究テーマ
- 大規模・高速スパコン利用先端計算科学技術によるインシリコ創薬の確立とその応用
- 創薬標的を対象とするインシリコスクリーニングによるヒット探索
- 創薬標的を対象とする高精度分子シミュレーションによる高結合親和性化合物の分子設計
主要論文
Okimoto N, Suenaga A, Taiji M.
Evaluation of protein–ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations.
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
35(15), 1-11 (2016)
doi: 10.1080/07391102.2016.1251851
Yamagishi J, Okimoto N, Morimoto G, Taiji M.
A New Set of Atomic Radii for Accurate Estimation of Solvation Free Energy by Poisson-Boltzmann Solvent Model.
Journal of Computational Chemistry
35(29), 2132-2139 (2014)
doi: 10.1002/jcc.23728
Kondo HX, Okimoto N, Morimoto G, Taiji M.
Free-Energy Landscapes of Protein Domain Movements upon Ligand Binding.
Journal of Physical Chemistry B
115(23), 7629-7636 (2011)
doi: 10.1021/jp111902t
Okimoto N, Futatsugi N, Fuji H, et al.
High-Performance Drug Discovery: Computational Screening by Combining Docking and Molecular Dynamics Simulations.
Plos Computational Biology
5(10), e1000528 (2009)
doi: 10.1371/journal.pcbi.1000528
Suenaga A, Takada N, Hatakeyama M, et al.
Novel mechanism of interaction of p85 subunit of phosphatidylinositol 3-kinase and ErbB3 receptor-derived phosphotyrosyl peptides.
Journal of Biological Chemistry
280(2), 1321-1326 (2005)
doi: 10.1074/jbc.M410436200
Suenaga A, Hatakeyama M, Ichikawa M, et al.
Molecular dynamics, free energy, and SPR analyses of the interactions between the SH2 domain of grb2 and ErbB phosphotyrosyl peptides.
Biochemistry
42(18), 5195-5200 (2003)
doi: 10.1021/bi034113h
