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研究

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BDRでは、様々な分野の研究者が協力して、より高い目標に向かって研究を進めています。

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セミナー・イベント

BDRでは、ライフサイエンス分野の国際的な研究者を招いて、年1回のシンポジウムや定期的なセミナーを開催しています。

働く・学ぶ

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BDRでは、様々なバックグラウンドを持つ人々を受け入れ、オープンで協力的な研究環境の構築に努めています。

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BDRについて

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理研の強みを生かし学際的なアプローチで生命の根源を探求し、社会の課題に応えます。

本間 光貴

ユニットリーダー
本間 光貴 Ph.D.

創薬分子設計基盤ユニット

拠点 横浜

E-mail honma.teruki[at]riken.jp

[at]を@に変えてください

創薬分子設計基盤ユニットでは、各創薬基盤間の連携により、標的タンパク質の立体構造と既知阻害剤情報を用いて、最新のモデリング理論と統計理論の両面から精度の高いインシリコスクリーニングを実現しています。スクリーニング結果などの実験データを機械学習させて主活性だけでなくADMETを考慮した化合物最適化設計の実施、標的タンパク質構造と化合物の複合体構造を元にした量子化学計算による相互作用解析が可能です。

主要論文

Komura H, Watanabe R, Kawashima H, et al.
A public-private partnership to enrich the development of in silico predictive models for pharmacokinetic and cardiotoxic properties.
Drug discovery today 26(5), 1275-1283 Wed Dec 01 00:00:00 JST 2021 doi: 10.1016/j.drudis.2021.01.024

Watanabe C, Okiyama Y, Tanaka S, et al.
Molecular recognition of SARS-CoV-2 spike glycoprotein: quantum chemical hot spot and epitope analyses.
Chemical Science 12(13), 4722-4739 Mon Nov 01 00:00:00 JST 2021

Takaya D, Watanabe C, Nagase S, et al.
FMODB: the world's first database of quantum mechanical calculations for biomacromolecules based on the fragment molecular orbital method.
Journal of Chemical Information and Modeling 61(2), 777-794 Mon Mar 01 00:00:00 JST 2021

Sato T, Sekimata K, Sakai N, et al.
Structural Basis of Activin Receptor-Like Kinase 2 (R206H) Inhibition by Bis-heteroaryl Pyrazole-Based Inhibitors for the Treatment of Fibrodysplasia Ossificans Progressiva Identified by the Integration of Ligand-Based and Structure-Based Drug Design Approaches.
ACS Omega 5(20), 11411-11423 Tue Dec 01 00:00:00 JST 2020

Shirai F, Mizutani A, Yashiroda Y, et al.
Design and Discovery of an Orally Efficacious Spiroindolinone-Based Tankyrase Inhibitor for the Treatment of Colon Cancer.
Journal of Medicinal Chemistry 63(8), 4183-4204 Sun Nov 01 00:00:00 JST 2020

Ogura K, Sato T, Yuki H, Honma T.
Support Vector Machine model for hERG inhibitory activities based on the integrated hERG database using descriptor selection by NSGA-II.
Scientific Reports 9(1), 1-12 Sun Dec 01 00:00:00 JST 2019

Sato T, Yuki H, Ogura K, Honma T.
Construction of an integrated database for hERG blocking small molecules.
PLoS One 13(7), e0199348/1-e0199348/18 Thu Nov 01 00:00:00 JST 2018

Watanabe C, Watanabe H, Fukuzawa K, et al.
Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone-Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO+MM-PBSA) Approach.
Journal of Chemical Information and Modeling 57(12), 2996-3010 Wed Mar 01 00:00:00 JST 2017

Saito Y, Yuki H, Kuratani M, et al.
A pyrrolo-pyrimidine derivative targets human primary AML stem cells in vivo.
Science Translational Medicine 5(181), 181ra152 Fri Nov 01 00:00:00 JST 2013 doi: 10.1126/scitranslmed.3004387

Yuki H, Honma T, Hata M, Hoshino T.
Prediction of sites of metabolism in a substrate molecule, instanced by carbamazepine oxidation by CYP3A4.
Bioorganic & Medicinal Chemistry 20(2), 775-783 Sat Dec 01 00:00:00 JST 2012 doi: 10.1016/j.bmc.2011.12.004

メンバー

本間 光貴

基盤ユニットリーダー

幸 瞳

技師

佐藤 朋広

研究員

渡邉 千鶴

研究員

神坂 紀久子

技師

保田 真友子

専門技術員

谷 紀彦

テクニカルスタッフⅠ

斉藤 由紀

アシスタント

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