チームリーダー
城口克之 Ph.D.

細胞システム動態予測研究チーム

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採用情報

研究員・特別研究員募集（BDR-23-096）

生物物理学と定量ジェノミクスを融合することで新しい視点から生命を理解し、医科学への貢献をめざす

光学顕微鏡を用いた蛋白質１分子動態観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージング・シークエンシング・機械学習を組み合わせた新規１細胞計測法を開発しています。DNA分子バーコード法の開発により、高精度にRNA 分子を定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq）を実現し、また、細菌の種類を高精度で区別して１細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や、オルガノイドを用いた研究などにより医科学への貢献を目指しています。免疫に関わる細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。

研究テーマ

DNA分子バーコード法の開発
デジタルRNAシークエンシング
新規細菌叢解析法の開発
バイオイメージング、シークエンシング、機械学習の融合
オルガノイド計測
細胞間相互作用

主要論文

Takahashi S, Ochiai S, Jin J, et al.
Sensory neuronal STAT3 is critical for IL-31 receptor expression and inflammatory itch
Cell Reports Tue Nov 28 00:00:00 JST 2023 doi: /10.1016/j.celrep.2023.113433

Jin J, Yamamoto R, Shiroguchi K, et al.
High-throughput identification and quantification of bacterial cells in the microbiota based on 16S rRNA sequencing with single-base accuracy using BarBIQ
Nature Protocols Mon Nov 27 00:00:00 JST 2023 doi: /10.1038/s41596-023-00906-8

Cui G, Shimba A, Jin J, et al.
CD45 Alleviates Airway Inflammation and Lung Fibrosis by Limiting Expansion and Activation of ILC2s.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120(36), e2215941120 Wed Aug 30 00:00:00 JST 2023 doi: 10.1073/pnas.2215941120

Fujimura T, Enomoto Y, Katsura H, et al.
Identifying a Lung Stem Cell Subpopulation by Combining Single-Cell Morphometrics, Organoid Culture, and Transcriptomics.
Stem Cells 41(8), 809-820 Wed Aug 30 00:00:00 JST 2023 doi: 10.1093/stmcls/sxad044

Jin J, Ogawa T, Hojo N, et al.
Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 120(1), e2210283120 Tue Jan 03 00:00:00 JST 2023 doi: 10.1073/pnas.2210283120

Cui G, Shimba A, Jin J, et al.
A circulating subset of iNKT cells mediates antitumor and antiviral immunity.
Science Immunology 7(76), eabj8760 Fri Oct 28 00:00:00 JST 2022 doi: 10.1126/sciimmunol.abj8760

Jin J, Yamamoto R, Takeuchi T, et al.
High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota.
Nature Communications 13, 863 Tue Feb 22 00:00:00 JST 2022 doi: 10.1038/s41467-022-28426-1

Zhang B, Vogelzang A, Miyajima M, et al.
B cell-derived GABA elicits IL-10⁺ macrophages to limit anti-tumour immunity.
Nature 599(7885), 471-476 Mon Nov 01 00:00:00 JST 2021 doi: 10.1038/s41586-021-04082-1

Nishida M, Yamashita N, Ogawa T, et al.
Mitochondrial reactive oxygen species trigger metformin-dependent antitumor immunity via activation of Nrf2/mTORC1/p62 axis in tumor-infiltrating CD8T lymphocytes.
Journal for immunotherapy of cancer 9, e002954 Wed Sep 01 00:00:00 JST 2021 doi: 10.1136/jitc-2021-002954

Aso H, Nagaoka S, Kawakami E, et al.
Multiomics investigation revealing the characteristics 1 of HIV-1-infected cells.
Cell Reports 32, 107887 Tue Dec 01 00:00:00 JST 2020

Kimura S, Nakamura Y, Kobayashi N, et al.
Osteoprotegerin-dependent M cell self-regulation balances gut infection and immunity.
Nature Communications 11, 234 Tue Dec 01 00:00:00 JST 2020 doi: 10.1038/s41467-019-13883-y

Yazaki J, Kawashima Y, Ogawa T, et al.
HaloTag-based conjugation of proteins to barcoding-oligonucleotides.
Nucleic Acids Research 48, e8 Sun Nov 01 00:00:00 JST 2020 doi: 10.1093/nar/gkz1086