分子配列比較解析ユニット

ユニットリーダー

工樂 樹洋Ph.D.

生命現象の分子的理解にゲノムワイドな視野と進化の時間軸を

研究内容

我々のからだのつくりや生命現象の設計図ともいえるゲノムは、突然創られたものではなく、数十億年にもわたる度重なる変更の産物です。現存のどの生物のゲノムにも歴史があり、その情報を生物種のあいだで比較することによって、過去にどのようなゲノムの改変が起きたのか、推測することができます。ゲノム進化の歴史を紐解くことにより、ヒトをはじめとする多様な生物の現在の活動を支える分子メカニズムの成り立ちを探ることが可能となります。

当研究室では、先端的なDNA解析技術とバイオインフォマティクスを駆使し、脊椎動物のゲノム構造やエピゲノム制御をおもな対象として、遺伝子や他の機能因子の多様性と進化について研究を行っています。多様な脊椎動物の全ゲノムプロジェクトを主導しながら、そこから得た生物学的知見と技術運用のためのノウハウをヒトや実験動物の広範な生命科学研究につなげることをめざして、分子進化学的・ゲノム学的視野に立った生物多様性リテラシーの普及のための活動も行っています。

研究テーマ

  • 分子進化学のアプローチと生命現象の分子的理解に立脚した生物多様性研究
  • 染色体スケールのDNA情報取得のための包括的ゲノム解析技術の高度化
  • クロマチン構造とその制御を視野に入れた脊椎動物のゲノム進化学
  • 大型海棲脊椎動物など重要でありながら情報が乏しい生物の分子情報取得

主要論文

  • Hara Y, Takeuchi M, Kageyama Y, et al.
    Madagascar ground gecko genome analysis characterizes asymmetric fates of duplicated genes.
    BMC Biology 16.40 (2018) doi: 10.1186/s12915-018-0509-4
  • Onimaru K, Kuraku S.
    Inference of the ancestral vertebrate phenotype through vestiges of the whole genome duplications.
    Briefings in Functional Genomics (2018) doi: 10.1093/bfgp/ely008
  • Onimaru K, Motone F, Kiyatake I, et al.
    A staging table for the embryonic development of the brownbanded bamboo shark (Chiloscyllium punctatum).
    Developmental Dynamics 247(5). 712-723 (2018) doi: 10.1002/dvdy.24623
  • Nishimura O, Hara Y, Kuraku S.
    gVolante for standardizing completeness assessment of genome and transcriptome assemblies.
    Bioinformatics 33(22). 3635–3637 (2017) doi: 10.1093/bioinformatics/btx445
  • Kadota M, Hara Y, Tanaka K, et al.
    CTCF binding landscape in jawless fish with reference to Hox cluster evolution.
    Scientific Reports 7(1). 4957 (2017) doi: 10.1038/s41598-017-04506-x
  • Kuraku S, Feiner N, Keeley SD, Hara Y.
    Incorporating tree-thinking and evolutionary time scale into developmental biology.
    Development, Growth & Differentiation 58(1). 131-142 (2016) doi: 10.1111/dgd.12258
  • Kuraku S, Zmasek CM, Nishimura O, Kato K.
    aLeaves facilitates on-demand exploration of metazoan gene family trees on MAFFT sequence alignment server with enhanced interactivity.
    Nucleic Acids Research 41(W1). W22-28 (2013) doi: 10.1093/nar/gkt389
  • Smith JJ, Kuraku S, Holt C, et al.
    Sequencing of the sea lamprey (Petromyzon marinus) genome provide insights into vertebrate evolution.
    Nature Genetics 45(4). 415-421 (2013) doi: 10.1038/ng.2568
  • Kuraku S.
    Impact of asymmetric gene repertoire between cyclostomes and gnathostomes.
    Seminars in Cell and Developmental Biology 24(2). 119-127 (2013) doi: 10.1016/j.semcdb.2012.12.009

メンバー

工樂 樹洋ユニットリーダー shigehiro.kuraku[at]riken.jp CV
門田 満隆上級技師 mitsutaka.kadota[at]riken.jp CV
西村 理技師 osamu.nishimura[at]riken.jp CV
中川 れい子専門職研究員 reiko.nakagawa[at]riken.jp
原 雄一郎基礎科学特別研究員 yuichiro.hara[at]riken.jp CV
鬼丸 洸基礎科学特別研究員 koh.onimaru[at]riken.jp CV
宇野 好宣研究員 yoshinobu.uno[at]riken.jp CV
山口 和晃研究員 kazuaki.yamaguchi[at]riken.jp CV
アブドルハミド レハブ フォアドテクニカルスタッフI
種子島 千春テクニカルスタッフII chiharu.tanegashima[at]riken.jp
辰見 香織テクニカルスタッフII

*:兼務/ [at]を@に変えてください

研究者 Q & A

Q研究の道を選んだきっかけは何ですか?

高校生のときに、学部・修士時代のメンターとなる恩師の著書を読んで。

Q研究を通して究極的に何を知りたいですか?

ゲノムの文法とニュアンス。我々ヒトはどう自然と共存すればよいのか。

Q研究の最大の魅力は何ですか?

世界の隅まで届きうる自己表現。

Q研究をする上での方針や哲学、座右の銘は何ですか?

誰もやらない、かつ大事な研究を。Evolution ist überall。

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