チームリーダー
城口 克之
Ph.D.
細胞システム動態予測研究チーム
E-mail katsuyuki.shiroguchi[at]riken.jp
[at]を@に変えてください
光学顕微鏡を用いた蛋白質1分子動態観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージング・シークエンシング・機械学習を組み合わせた新規1細胞計測法を開発しています。DNA分子バーコード法の開発により、高精度にRNA 分子を定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq)を実現し、また、細菌の種類を高精度で区別して1細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や、オルガノイドを用いた研究などにより医科学への貢献を目指しています。免疫に関わる細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。
研究テーマ
- DNA分子バーコード法の開発
- デジタルRNAシークエンシング
- 新規細菌叢解析法の開発
- バイオイメージング、シークエンシング、機械学習の融合
- オルガノイド計測
- 細胞間相互作用
主要論文
Takahashi S, Ochiai S, Jin J, et al.
Sensory neuronal STAT3 is critical for IL-31 receptor expression and inflammatory itch
Cell Reports
Tue Nov 28 00:00:00 JST 2023
doi: /10.1016/j.celrep.2023.113433
Jin J, Yamamoto R, Shiroguchi K, et al.
High-throughput identification and quantification of bacterial cells in the microbiota based on 16S rRNA sequencing with single-base accuracy using BarBIQ
Nature Protocols
Mon Nov 27 00:00:00 JST 2023
doi: /10.1038/s41596-023-00906-8
Cui G, Shimba A, Jin J, et al.
CD45 Alleviates Airway Inflammation and Lung Fibrosis by Limiting Expansion and Activation of ILC2s.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
120(36), e2215941120 Wed Aug 30 00:00:00 JST 2023
doi: 10.1073/pnas.2215941120
Fujimura T, Enomoto Y, Katsura H, et al.
Identifying a Lung Stem Cell Subpopulation by Combining Single-Cell Morphometrics, Organoid Culture, and Transcriptomics.
Stem Cells
41(8), 809-820 Wed Aug 30 00:00:00 JST 2023
doi: 10.1093/stmcls/sxad044
Jin J, Ogawa T, Hojo N, et al.
Robotic data acquisition with deep learning enables cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
120(1), e2210283120 Tue Jan 03 00:00:00 JST 2023
doi: 10.1073/pnas.2210283120
Cui G, Shimba A, Jin J, et al.
A circulating subset of iNKT cells mediates antitumor and antiviral immunity.
Science Immunology
7(76), eabj8760 Fri Oct 28 00:00:00 JST 2022
doi: 10.1126/sciimmunol.abj8760
Jin J, Yamamoto R, Takeuchi T, et al.
High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the microbiota.
Nature Communications
13, 863 Tue Feb 22 00:00:00 JST 2022
doi: 10.1038/s41467-022-28426-1
Zhang B, Vogelzang A, Miyajima M, et al.
B cell-derived GABA elicits IL-10+ macrophages to limit anti-tumour immunity.
Nature
599(7885), 471-476 Mon Nov 01 00:00:00 JST 2021
doi: 10.1038/s41586-021-04082-1
Nishida M, Yamashita N, Ogawa T, et al.
Mitochondrial reactive oxygen species trigger metformin-dependent antitumor immunity via activation of Nrf2/mTORC1/p62 axis in tumor-infiltrating CD8T lymphocytes.
Journal for immunotherapy of cancer
9, e002954 Wed Sep 01 00:00:00 JST 2021
doi: 10.1136/jitc-2021-002954
Aso H, Nagaoka S, Kawakami E, et al.
Multiomics investigation revealing the characteristics 1 of HIV-1-infected cells.
Cell Reports
32, 107887 Tue Dec 01 00:00:00 JST 2020
Kimura S, Nakamura Y, Kobayashi N, et al.
Osteoprotegerin-dependent M cell self-regulation balances gut infection and immunity.
Nature Communications
11, 234 Tue Dec 01 00:00:00 JST 2020
doi: 10.1038/s41467-019-13883-y
Yazaki J, Kawashima Y, Ogawa T, et al.
HaloTag-based conjugation of proteins to barcoding-oligonucleotides.
Nucleic Acids Research
48, e8 Sun Nov 01 00:00:00 JST 2020
doi: 10.1093/nar/gkz1086
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細菌一つを見分ける細菌叢計測法の開発
2021年11月10日 研究成果
GABAを標的とする抗腫瘍免疫機構
2020年2月4日 BDRニュース
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2019年11月29日 研究成果
DNAバーコーディングによるタンパク質のデジタル定量法